El CIESAS Noreste inició actividades en 1997 como Programa Noreste, en la ciudad de Saltillo, Coahuila. El propósito de dicho programa consistía en explorar las posibilidades de fundar una sede del CIESAS en el norte del país. De esta manera, en 2004 se toma la decisión de trasladar el Programa Noreste a la ciudad de Monterrey, para aprovechar las posibilidades de vinculación con otras instituciones educativas, y el contexto más central de esta urbe. El cambio se concreta en la segunda mitad de ese año y fue hasta 2014 cuando se le confiere el nombramiento de Unidad Regional Noreste.

Entre sus primeras actividades académicas destaca el diplomado Teoría y Práctica de la Antropología Social, cuya primera edición se realizó en 2010.

El Programa de maestría en Antropología Social Sureste/Noreste inició labores en 2014. Este posgrado es ofertado de manera conjunta con el CIESAS Sureste (San Cristóbal de las Casas, Chiapas). Asimismo, de esta disciplina, es el único que está inscrito en el Programa Nacional de Posgrados de Calidad (PNPC) del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT); además, funciona como un enlace más dentro del Sistema Nacional de Formación del CIESAS.

La Unidad representa un fuerte impacto en el ámbito docente, de investigación y divulgación del conocimiento. A través de la generación de conocimiento y la formación de recursos humanos, esta sede se ha convertido en el referente más importante de las Ciencias Sociales y la Antropología Social en el noreste de México.